La Casa de la Independencia fue construida en 1772, y fue morada de los Martínez Sáenz durante la época de la colonia. Luego de haber sido utilizada como sitio de reuniones por los próceres, la residencia cayó en el olvido hasta 1961, cuando don Juan Bautista Aguínaga impulsó su restauración. En 1965, la casa fue reinaugurada como museo gracias a la ayuda de varios profesionales e intelectuales de la época.

Actualmente, en el  sitio están accesibles cinco salas, un gran salón, un corredor y un patio. También destacan el Salón Capitular y el Callejón Histórico. Entre los objetos que se pueden ver en la casa, se encuentran algunos muebles de la época, utensilios y herramientas que pertenecieron a los próceres o sus contemporáneos, además de piezas artísticas de gran valor, como el mural del ceramista José Laterza Parodi que representa los lugares más destacados de la Asunción colonial.



El martes 26 de abril, la Secretaría Nacional de Cultura (SNC) organizó un espectáculo en honor al próximo cincuentenario de la apertura del museo. En el evento participaron la ministra de Cultura, Mabel Causarano, el director general de Bienes y Servicios Culturales, Osvaldo Salerno, y la directora del Museo, Yany Oliveira.

En el programa se contempló la entrega de dos obras del artista paraguayo Jaime Bestard, que forman parte de la colección de Justo Pastor Benítez, y  de un boceto del cuadro La Rendición de Velazco, que próximamente pasará a integrar el patrimonio del museo. La Banda Folklórica Nacional fue la encargada de animar el evento.

Cabe señalar que en el 2014 la SNC invirtió 240 millones de guaraníes para la puesta en valor de la Casa de la Independencia.