A lo largo del 2016 la línea aérea inauguró tres nuevas rutas a Sudamérica y una a Europa.  En junio, se incorporaron vuelos a Bogotá y Zúrich con registros muy positivos pues al cierre del año mostraban una ocupación media del 80%. En diciembre se inauguraron vuelos a Guayaquil, Ecuador y Córdoba, en Argentina. Actualmente la compañía opera una red de vuelos propios a dieciocho ciudades del continente americano.
 
La progresiva incorporación de los Dreamlines a la flota de Air Europa, facilita el desarrollo del plan de expansión y crecimiento proyectado por la compañía. Igualmente, nuevos acuerdos de código compartido hacen posible la incorporación de más destinos ampliando la oferta de viajes a sus pasajeros.
 
En Europa, la empresa del grupo Globalia vuela a Moscú desde Valencia y Alicante en código compartido con Aeroflot y a Belgrado, con Air Serbia, desde Zúrich. Igualmente, vuela a Bucarest y a Iași, en Rumanía, en código compartido con Tarom y desde el pasado mes de octubre enlaza Madrid con Estambul en  alianza con Turkish Airlines. Air Europa también despliega su código en los vuelos operados por Alitalia desde Roma a cinco ciudades italianas: Nápoles, Alghero, Bari, Palermo y Reggio de Calabria.
 
En cuanto a Asia y Oceanía, opera en código compartido  desde Ámsterdam con China Airlines a Taiwán y con Garuda Indonesia a Yakarta. Con Middle East Airlines, opera en código compartido en los vuelos a Beirut desde París, Roma y Milán. Finalmente, Air Europa vuela también desde el pasado mes de septiembre, y por primera vez, a Australia y lo hace de la mano de Etihad Airways, desde  Abu Dabi a cuatro de las ciudades más grandes y más pobladas de Australia: Sídney, Melbourne, Brisbane y Perth.
 
En Ecuador, un destino preferente dentro del plan de expansión de la compañía, un acuerdo con Tame permite a sus pasajeros llegar a Quito. También en el 2016 se ha reforzado la conectividad en Brasil, en alianza con Avianca en sus vuelos domésticos entre Sao Paulo y Recife, Curitiba y Florianópolis.
 
En 2017 Air Europa seguirá estableciendo nuevos acuerdos y alianzas y continuará con su expansión en el mercado americano donde en el presente año tiene previsto abrir una ruta propia a Honduras, y a Boston.