El acuerdo de código compartido fue firmado en agosto de 2007 cubriendo en su primera etapa a los aeropuertos de Ciudad de México, Guadalajara y Cancún, destinos que operaba Copa Airlines, y a Acapulco, Aguascalientes, León/Bajío, Ciudad Juárez, Chihuahua, Culiacán, Cancún, Guadalajara, Hermosillo, Mérida, Monterrey, Mazatlán, Puerto Vallarta, Los Cabos, Tijuana, Villahermosa y Ixtapa Zihuatanejo como los destinos operados por Aeromexico.

En 2011, mediante un convenio aéreo entre Panamá y México se alcanzaron 28 frecuencias aéreas semanales entre sus capitales, y 35 en Cancún. Posteriormente, en mayo de 2015, Aeromexico inauguró la ruta Ciudad de Panamá-Ciudad de México a bordo de un Boeing 737-700 con capacidad para 124 pasajeros y 12 en clase premier.

La aerolínea panameña, Copa Airlines, informó que con esta ampliación de su acuerdo de código compartido con Aeromexico, permitirá la operación de nuevos destinos en Brasil y Aruba. De este modo, los pasajeros pueden acceder a conexiones directas desde Ciudad de Panamá hacia destinos como Aruba (AUA), Fortaleza (FOR), Manaos (MAO), Recife (REC) y Salvador Bahía (SSA).

Es importante señalar que actualmente Copa Airlines opera vuelos a Cancún, Guadalajara, Monterrey, Ciudad de México, y a partir del próximo 16 de diciembre dará apertura a dos conexiones semanales con Puerto Vallarta & Riviera Nayarit, el cual sería su quinto destino en el país mexicano.