Las empresas que se oponen a la aplicación del TUUA a los pasajeros en conexión en el aeropuerto Jorge Chávez, señalan que podría generar un severo impacto económico tanto para los usuarios como para las aerolíneas que operan en la principal terminal aérea de Lima restando conectividad y competitividad al país. Son 23 las aerolíneas internacionales que operan en este aeropuerto, de las cuales un total de 20 tienen tráfico de origen-destino y tres hacen tráfico de conectividad. Hasta el momento se ha anunciado la suspensión de dos rutas aéreas aparentemente motivadas por la medida. 

El costo del TUUA se fijó en USD 12,67 por cada conexión. De ese total, Lima Airport Partners (LAP), operador del Aeropuerto Jorge Chávez se quedará con 5 dólares y el resto será para el Estado. Para conexiones en vuelos de ida y vuelta el costo será de USD 25,34. 

El TUUA de transferencia no se ha incorporado en la tarifa de los boletos por lo que los pasajeros al descender de sus vuelos en Lima, tendrán que dirigirse a un  módulo y abonar la tarifa correspondiente, hecho que podría significar la pérdida del siguiente vuelo a los pasajeros en conexión.  Según datos de LAP, el 30% de los pasajeros internacionales que pasan por el Aeropuerto Internacional Jorge Chávez son viajeros de conexión, hacen uso de la infraestructura y servicios del nuevo terminal, por lo tanto, deben pagar esta nueva tarifa.

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Operan y tienen a Lima como un principal centro de distribución de vuelos en Sudamérica, las aerolíneas LATAM, Sky y JetSMART. A partir de enero del 2026, el TUUA también podría aplicarse en conexiones domésticas, situación que afectaría la competitividad del transporte aéreo frente al transporte terrestre.