Históricamente, Flybondi inició operaciones en nuestro país en diciembre de 2018 conectando el Aeropuerto El Palomar (Buenos Aires) con el Aeropuerto Internacional Silvio Pettirossi. La pandemia fue determinante en la cancelación de estos vuelos en 2020. Tras varios años de ausencia, retornó sus operaciones a Asuncion  a fines del 2025 con vuelos desde Aeroparque, en Buenos Aires.

Con esta gestión, Flybondi pretende ampliar su presencia en nuestro país y aumentar su conectividad regional utilizando Asunción como hub.  En Argentina, la aerolínea se encuentra en una marcada situación crítica con cancelaciones masivas, retrasos operativos y sanciones de autoridades aeronáuticas por cancelaciones sin previo aviso, además de demoras en pagos a funcionarios y restricciones en el uso de aviones por falta de pago.  Informes señalan además que en 2025, el 45,71% de los vuelos de Flybondi registraron demoras o cancelaciones, con una tendencia que se mantiene en el presente año.

Según reportes del portal especializado peruano T News, la aerolínea registró una tasa de cancelación del 23% en sus itinerarios hacia Lima entre enero y finales de abril. La crisis operativa afectó especialmente la ruta Lima-Puerto Iguazú, acumulando múltiples suspensiones consecutivas. A fines del mismo mes, los reportes operativos de la aerolínea también vuelos anulados  -muchas registradas en un solo día- desde Aeroparque a destinos domésticos como Mendoza, Córdoba, Tucumán y Bariloche que ponen en evidencia la inestabilidad  que Flybondi presenta en sus operaciones.

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